El EJB(Ejercito de John Brown), o también mencionado como JBA(John Brown Agency) es una organización terrorista dirigida por Emile Dufrainse, tiene la intención de comprar a un científico nuclear pakistaní llamado Aswat, una sustancia conocida como Mercurio rojo, la cual, puede ser usada como material de fusión de Bombas nucleares. Este producto es robado, posteriormente el EJB logra adquirirlo y desarrolla 6 bombas nucleares, una es enviada para detonar en un crucero, otra es enviada a bordo de un buque robado para detonar en el puerto de Los Angeles, otra viaja en helicóptero para detonar en nasville y unas 3 son desplegadas en Nueva York.
Tras el robo del mercurio rojo Sam Fisher, agente de third echelon, (división de la NSA), se ve obligado a infiltrarse en la red terrorista para así hallar el arma, evitar que esta sea utilizada y acabar con la red terrorista del EJB desde adentro. Para lograr su cometido, Sam Fisher debe infiltrarse en el EJB por lo cual deberá aliarse con uno de los miembros del EJB llamado Jamie Washington, este le ayudara a penetrar dentro de las redes terroristas.
Sam Fisher ahora es un agente doble, y se encontrará en una situación difícil, ahora sus aliados serán sus enemigos y sus enemigos sus aliados, sin contar con que deberá tomar decisiones difíciles de las cuales dependerá la confianza que ambas organizaciones tengan en el, lo cual afectara también el éxito de la misión. También con cada decisión que tomes el juego tendrá un desenlace diferente, la decisión es tuya.En esta nueva entrega el trabajo de Sam Fisher será un poco más difícil. Aquí entra la 3ª ley de Newton: cada acción conlleva una reacción; cada decisión tomada en cada misión tendrá un cambio en la historia, como en esta entrega se han puesto varios finales alternativos según en que lado estemos: en el de la NSA o la EJB. En esta entrega se ha agregado las habilidades de: nadar, tirarse al vacío en paracaídas e incluso romper el hielo por debajo del agua para acabar con nuestros enemigos. Otra de las mejoras que contiene este juego son los gráficos en las versiones de nueva generación (PS2 sigue utilizando los mismos gráficos) en los que podemos notar que Fisher está sudando en la misión, la luz del sol y las sombras han sido mejoradas, también podemos hacer misiones a plena luz del día y una mejora es que en misiones como kinshasa está permitido el uso de gafas de sol para darle un toque más realístico a lo que es realizar una acción en un pueblo muy iluminado.La jugabilidad sigue siendo casi la misma aunque nuestras decisiones deben ser bien definidas y muy bien pensadas porque se pondrá difícil al decidir con la relación que encontró Sam con Enrica: o la traicionamos a ella y a la EJB o traicionamos a la NSA y la seguridad nacional. Toma tu decisión....
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